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Comprendre la flore intestinale.

Au cours des dernières années beaucoup de découverte nous ont montré l’importance de notre flore intestinale, et son impact sur notre santé. La flore intestinale a été appelée par les scientifiques le deuxième cerveau, car elle interagit avec tous nos organes, particulièrement le cerveau, et est essentielle à notre bonne santé.




Qu’est-ce que la flore intestinale ?

Les bactéries sont des microorganismes vivants qui sont partout dans la nature. Nous connaissons bien celles qui sont pathogènes et qui nous donnent des infections. Ce que nous connaissons moins, ce sont celles que nous appelons « commensales » qui habitent sur notre peau et nos muqueuses, en symbiose avec notre corps. Ces groupes bactéries ne sont pas pathogènes et aident notre corps à mieux fonctionner. Elles colonisent différentes parties du corps, et associées à d’autres microorganisme forment des colonies appelées microbiotes. Le corps humain comprend différents microbiotes : bucco-dentaire – cutané – vaginal et intestinal. Au niveau de l’intestin grêle et du colon, habitent celles qui font partie du microbiote intestinal, ou flore intestinale. (1)


Quelles sont les microorganismes qui la composent ?

Le microbiote intestinal est composé de plus de 10 000 milliards de microorganismes (plus que le nombre de cellules dans tout notre corps), en grande partie des bactéries, mais aussi des levures et des parasites. Cette population est très diversifiée lorsqu’elle est saine.


Les bactéries correspondent à 90% de cette flore intestinale. Nous avons pu identifier pour l’instant que les bactéries cultivables en laboratoire. Ces bactéries sont divisées en 5 grands groupes Bacteroides, Eubacterium, Ruminococcus, Clostridium et Bifidobacterium. Ces bactéries interagissent directement avec notre corps et sont extrêmement bénéfiques à notre santé.

Des levures, virus et parasites, comme le candida, cryptococcus ou Saccharomyces, sont aussi présents au niveau digestif. Ces organismes sont en nombre nettement inférieur à celui des bactéries, et ne semblent pas avoir la même interaction positive avec notre corps. Cependant, si leur nombre augmente, ils peuvent être responsables de symptômes diverses, voir même d’infections, notamment chez les patients immune-déprimés. (2)


Il existerait 800 à 1000 espèces de bactéries différentes qui peuvent potentiellement vivre dans nos intestins, et au moins 160 différentes espèces au sein d’un même individu. La composition de notre microbiome nous ai propre, comme nos empreintes digitales. Il y existe une grande diversité de composition de la flore entre individus. Des chercheurs ont étudié la flore intestinale des membres d’une même famille. Seulement la moitié des espèces de bactéries se retrouvant d’un individu a l’autre au sein d’une même famille. (1, 3) Cette diversité est encore plus grande au sein d’un groupe de population, et entre les différents groupes de population dans le monde. Ceci peut expliquer pourquoi nous avons tous une relation différente à la nourriture, et que chacun de nous a une alimentation saine qui lui correspond mieux.


Comment se forme notre microbiome ?

Le microbiome est propre à chacun et se définit à la naissance et dans les 3 premières années de notre vie. Le premier contact que nous avons avec les bactéries se fait au moment de la naissance, soit avec les bactéries vaginales de la maman, soit avec l’environnement si nous naissons par césarienne. Ce premier contact va définir grandement le type de microbiome que nous aurons. Après la naissance, la colonisation bactérienne se fait progressivement, influencée par notre génétique, la diversification alimentaire, les traitements médicaux.


Après l’âge de 3 ans, la flore intestinale est relativement stable. Elle peut cependant être altérée par les antibiotiques, les traitements médicaux, les maladies, les fluctuations hormonales, le stress ou les changements de régimes alimentaires. La flore intestinale a une capacité à se réparer, et retrouver sa composition initiale lorsque le contexte défavorable cesse, comme à l’arrêt des antibiotiques.


Il arrive cependant que certaines altérations persistent sur le long terme, et engendrent un déséquilibre permanent appelé dysbiose. Cette dysbiose va alors augmenter le risque de diverses maladies et symptômes digestifs. Nous ne sommes pas tous égaux par rapport à l’apparition d’une dysbiose. La capacité de la flore à se réparer est propre à chacun. Certaines flores intestinales seraient plus stables que d’autres, moins sujettes aux altérations et mieux capable de se régénérer. (4)





Pourquoi ces bactéries sont-elles aussi bénéfiques ?

Le microbiote se nourrit de ce que nous mangeons, et par là, permet de fermenter et éliminé tous les résidus non digérés qui arrivent dans notre intestin. Ce microbiote est indispensable à la bonne absorption des nutriments et acides gras essentiels. Les bactéries de la flore intestinale participent aussi à la synthèse de certaines vitamines et hormones. (5)


Il existe deux sortes de bactéries dans la flore intestinale, des bactéries saines et des bactéries potentiellement nocives. Chez les sujets sains, lorsque la flore est bien équilibrée, les bactéries bénéfiques prédominent par rapport aux bactéries potentiellement nocives.


Les bactéries saines produisent des vitamines et autres molécules. Certaines de ces molécules sont absorbés par l’intestin et sont responsables de l’interaction bénéfique de notre flore avec nos différents organes. D’autres molécules participent à la formation de ce que l’on appelle la barrière intestinale, qui empêche toxines et organismes extérieurs de passer dans le sang. (6)


Les bactéries nocives quant à elles, produisent des toxines et substances cancérigènes. Lorsque le microbiote est en équilibre, ces substances sont éliminées facilement par les bactéries saines. Mais lorsqu’il existe un déséquilibre entre les deux populations, ces substances peuvent favoriser différentes pathologies. C’est ainsi qu’une flore intestinale déséquilibrée peut être associée à un risque accru de cancer, de maladies du foie et des reins, d’hypertension et artériosclérose, et une immunité réduite.




Comment renforcer notre flore intestinale ?

Une alimentation saine, équilibrée et riche en fibres est essentielle pour renforcer notre flore intestinale. Les bactéries intestinales se nourrissent principalement de fibres solubles, que l’on trouve dans les fruits et légumes, mais aussi insolubles, que l’on trouve plutôt dans les légumineux et graines.


Lorsque le déséquilibre de la flore est trop important, une alimentation saine peut ne pas suffire, et il peut être utile de prendre des probiotiques, en suppléments ou dans les produits fermentés, ainsi que des prébiotiques, des fibres prédigérées qui sont une source de nourriture directe pour les bactéries saines. Il est aussi intéressant de tester la flore intestinale et de donner des probiotiques adaptés aux déficiences trouvées. Il est nécessaire d’aborder les choses de façon holistique, en prenant en compte les aspects, physiques, émotionnelles, psychosomatiques qui influencent la santé de notre microbiote. La gestion du stress, l’exercice, l’amélioration du notre mode de vie ont aussi des effets très bénéfiques sur le microbiote et aider à retrouver une flore intestinale saine.



Une flore intestinale saine semble indispensable a une bonne santé sur le long terme. Nous ne connaissons pas encore très bien tous les mécanismes de la flore intestinale, sa composition, et son interaction avec notre corps, qui semble très complexe, et de nombreuses études sont en cours pour mieux comprendre ce qui affecte cette flore, et comment elle nous affecte nous.




2. The emerging world of the fungal microbiome Gary B. Huffnagle1 and Mairi C. Noverr2

1Division of Pulmonary and Critical Care Medicine, Department of Internal Medicine, University of Michigan, Ann Arbor, MI, USA, 2Department of Prosthodontics, Center of Excellence in Oral Biology, Louisiana State University Health Science Center School of Dentistry, New Orleans, LA, USA

Trends Microbiol. 2013 July ; 21(7): 334–341. doi:10.1016/j.tim.2013.04.002.

4. Bezirtzoglou E, Stavropoulou E. Immunology and probiotic impact of the newborn and young children intestinal microflora. Anaerobe. 2011 Dec;17(6):369-74. doi: 10.1016/j.anaerobe.2011.03.010. Epub 2011 Apr 16. PMID: 21515397.

5. Mitsuoka T. Intestinal flora and human health. Asia Pac J Clin Nutr. 1996 Mar;5(1):2-9. PMID: 24394457.

6. Cummings JH, Antoine JM, Azpiroz F, Bourdet-Sicard R, Brandtzaeg P, Calder PC, Gibson GR, Guarner F, Isolauri E, Pannemans D, Shortt C, Tuijtelaars S, Watzl B. PASSCLAIM--gut health and immunity. Eur J Nutr. 2004 Jun;43 Suppl 2:II118-II173. doi: 10.1007/s00394-004-1205-4. PMID: 15221356.




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